Xã Nậm Manh được thành lập vào ngày 8 tháng 4 năm 2008 trên cơ sở điều chỉnh 16.470,30 ha diện tích tự nhiên và 2.032 người của xã Nậm Hàng[1]. Khi mới thành lập, xã trực thuộc huyện Mường Tè.

Ngày 14 tháng 10 năm 2011, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 97/NQ-CP[4]. Theo đó, thành lập thị trấn Nậm Nhùn trên cơ sở điều chỉnh 2.109,12 ha diện tích tự nhiên, 3.444 người của xã Nậm Hàng và 886,09 ha diện tích tự nhiên của xã Nậm Manh.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, xã Nậm Manh còn lại 15.584,21 ha diện tích tự nhiên và 1.908 người.

Ngày 2 tháng 11 năm 2012, xã Nậm Manh chuyển sang trực thuộc huyện Nậm Nhùn mới thành lập.[3]